Sunt posibile nenumărate metode de codificare a datelor în ADN. Metodele optime sunt cele care folosesc economic ADN-ul și protejează împotriva erorilor. Dacă mesajul ADN este destinat să fie stocat pentru o perioadă lungă de timp, de exemplu, 1.000 de ani, este de asemenea util dacă secvența este în mod evident artificială și cadrul de citire este ușor de identificat.

Codificarea datelor arbitrare

Pentru a codifica date arbitrare în ADN, datele sunt de obicei convertite mai întâi în date ternare (baza 3. Fiecare cifră (sau „trit”) este apoi convertită într-o nucleotidă folosind un tabel de căutare. Pentru a preveni homopolimerii (nucleotidele repetate), care pot cauza probleme în secvențierea precisă, rezultatul căutării depinde și de nucleotida precedentă.